Сведений о строительстве первых Пророко-Ильинской и Владимирско-Богородицкой церквей по документам Центрального государственного архива Удмуртской Республики не обнаружено. Известно, что в начале ХVIII в. в селе уже существовали деревянная Пророко-Ильинская и Владимирско-Богородицкая церкви.
В июне 1768 г. Преосвященным Варфоломеем, епископом Вятским и Великопермским, дана храмозданная грамота на строительство вместо обветшавшей Владимирско-Богородицкой церкви новой деревянной церкви с тем же названием. Церковь была построена в 1770 г. и по указу Вятской духовной консистории от 15 марта 1770 г. № 287 освящена во имя Владимирской иконы Божьей Матери. В 1801 г. по клировым ведомостям в селе значились 2 деревянные ветхие церкви: Пророко-Ильинская и Владимирско-Богородицкая.
4 марта 1801 г. Вятской духовной консисторией выдана храмозданная грамота № 566 на строительство каменной церкви, которая была построена на средства прихожан в 1807 г. с тремя престолами. В холодной церкви – главный – освящен во имя Богоявления Господня, в теплой – правый– освящен 20 июня 1807 г. в честь Владимирской иконы Божьей Матери, левый – освящен 23 июня 1808 г. в честь Св. Пророка Илии.
В состав прихода в 1846 г. входили: с. Нечкино, д. Пислегово, д. Макарово, д. Усть-Нечкинка, д. Чепаниха, д. Дуванак, поч. Голованов, поч. Коновалов, поч. Чукавин, д. Горбунова, д. Юриха, д. Сениха, д. Лагуново, д. Немешаево, д. Слепокурова, д. Килина, д. Боровики, д. Шадренки.
5 мая 1868 г. при церкви открыто церковно-приходское попечительство.
Богоявленская церковь закрыта по Указу Президиума Верховного Совета УАССР от 3 сентября 1941 г. Здание передано под больницу. В последующие годы здание церкви использовалось как клуб и библиотека, хлев для скота, гараж, зерносклад и склад удобрений.
18 ноября 1996 года в Управлении Министерства Российской Федерации по налогам сборам по Удмуртской Республике официально зарегистрирован приход.
В 2007 году по инициативе Президента Удмуртии Александра Александровича Волкова началась реставрация церкви. Биатлонист Иван Черезов приобрёл и передал в дар восстанавливаемой церкви 8 колоколов. 14 апреля 2013 года они были освящены и установлены на колокольне.
6 июля 2013 года, в день Владимирской иконы Божьей Матери, в восстановленном Богоявленском храме с. Нечкино Сарапульского района, в связи с 205-летием храма было совершено освящение престола, антиминса и Божественная литургия в южном приделе Владимирской иконы Божией Матери. Чин освящения совершил Митрополит Ижевский и Удмуртский Николай. Правящему Архиерею сослужил благочинный Сарапульского округа митрофорный протоиерей Вячеслав Остроумов и духовенство Сарапульского благочиния.
В воскресенье, 31 (18) июля 2016 г., День Памяти святых отцев шести Вселенских Соборов. Мч. Иакинфа Амастридского (IV). Мч. Емилиана (363). Прп. Памвы пустынника (IV). Прп. Иоанна Многострадального, Печерского (1160). Прп. Памвы, затворника Печерского (XIII). В селе Нечкино Сарапульского района Удмуртии прошли торжества посвященные 420-летию села и 210-летие Ильинского придела Богоявленского храма.
Божественную литургию возглавил Благочинный Сарапульского округа Сарапульской епархии митрофорный протоиерей Олег Остроумов. Его Высокопреподобию сослужили: протоиерей Вячеслав Остроумов — секретарь Епархиального управления и иерей Сергий Чукавин – настоятель храма.
За богослужением молились Глава Сарапульского района Игорь Владиславович Асабин, Глава муниципального образования «Нечкинское» Суханова Валентина Николаевна, многочисленные прихожане и гости села.
По окончании богослужения благотворителям и благоукрасителям Богоявленского храма были вручены медали Священномученика Амвросия Сарапульского и Архиерейские грамоты епископа Сарапульского и Можгинского Антония.
Продолжились торжества Народными гуляниями с концертной программой и ярмаркой на площади перед церковью.